Jedes Permatop wird von einem Permatop-Verein organisiert und betreut.
Die Permatop-Vereine arbeiten auf lokaler Ebene, z.B. gibt es einen Verein und ein Permatop pro Gemeinde oder in größeren Städten einen Verein und ein Permatop pro Bezirk. Aufgabe der Permatop-Vereine ist es, einen Grünraumplan für ihr Permatop zu erstellen, Mitglieder zu werben, die Ziele, die Ideen und das Wissen der Permatop-Bewegung zu verbreiten und umzusetzen und Permatopgärten nach den Permatop-Richtlinien zu betreuen.
Die Permatop-Vereinsmitglieder sind entweder Funktionäre/innen, aktive oder fördernde Mitglieder. Die Permatopgärten sind entweder Vereinsgärten oder Permatop-Mitgliedsgärten. Jeder Permatop-Verein hat außerdem mindestens einen Urgarten als Treffpunkt, Plattform und Aushängeschild in der Öffentlichkeit.
